加蓬 ECTN 证书的办理流程如下：

准备材料：

申请表：填写完整准确的 ECTN 申请表格，包含发货人、收货人、货物信息、运输信息等详细内容。

海运提单副本或格式件：提供海运提单的副本或格式件，需带有船公司的相关信息以及货物的基本运输信息，如货物描述、数量、运输路线等。

商业发票：开具的商业发票需为英文或法文版本，注明货物的名称、规格、数量、价格、贸易条款、发票号码、发票日期等信息，并加盖公司公章。

装箱单：详细列出货物的包装情况，包括每箱的货物数量、重量、体积、包装类型等，同样需要加盖公司公章。

运费发票（如果运费未在商业发票上体现）：若商业发票上未包含运费信息，则需单独提供运费发票。

提交申请：将准备好的申请材料提交给相关机构或代理公司。建议选择正规的、有经验的代理公司办理，他们熟悉办理流程和要求，能够更高效地处理申请。

审核与报价：收到申请材料后，相关机构或代理公司会进行审核，并出具正式的报价单。申请人需仔细核对报价单上的费用明细和服务内容。

缴纳费用：申请人按照报价单支付 ECTN 的申请费用。确保支付的费用准确无误，并保留好支付凭证。

证书草本确认：费用缴纳后，会收到 ECTN 证书草本。申请人需要仔细核对草本上的信息，如货物信息、运输信息、证书编号等，确保准确无误后进行确认。需要注意的是，草本一旦确认，除提单发出日期、开船日期、船名、航次外，其他信息很难修改。

号码生成与正本签发：草本确认后，相关机构会生成 ECTN 号码，并在审核通过后签发 ECTN 正本。正本证书一般为 PDF 格式，将通过电子邮件发送给申请人。申请人需将此正本证书转交给目的港收货人和船公司等。