巴基斯坦 FTA 产地证的办理主要有两种方式：企业自行办理和通过代理公司办理。以下是两种方式的具体办理流程：

了解相关规定：熟悉中国 - 巴基斯坦自由贸易协定中关于原产地证的具体条款和规定，明确办理产地证的要求和所享受的优惠政策。

准备材料：

基本资料：企业的营业执照副本、组织机构代码证等相关企业资质证明文件。

贸易资料：出口货物合同或订单，用于证明贸易关系；出口货物的商业发票，需详细显示货物的价值、数量等信息；装箱单或装运单，列出货物的包装、数量、重量等具体情况。

其他可能需要的材料：产品的生产工艺及贸易方式说明、产品检验报告（由相关检验机构出具，证明产品符合质量标准和原产地规则）等，特殊产品可能还需要相应的资质证明。

注册备案：

如果企业之前没有在海关或贸促会进行过相关备案，需要先进行注册备案。企业需要向当地海关或贸促会提交注册备案申请，填写相关表格，并提供企业的基本信息、产品信息等资料。海关或贸促会对企业提交的资料进行审核，审核通过后，企业获得办理产地证的资质。

对于已备案企业，需确保备案信息的准确性和有效性，如有变更应及时更新。

在线申请：登录中国国际贸易促进委员会或海关的相关业务系统，填写巴基斯坦 FTA 产地证的申请表格，按照系统提示输入相关信息，如申请人信息、出口商信息、进口商信息、货物信息等。

提交材料审核：将准备好的申请材料以及在线填写的申请信息提交给当地海关或贸促会进行审核。相关部门会对材料的真实性、准确性和完整性进行审查，同时核实货物的原产地、生产过程等是否符合巴基斯坦 FTA 的要求。

缴纳费用：根据相关规定缴纳巴基斯坦 FTA 产地证的办理费用，费用标准可能因地区和具体情况而有所不同。

领取产地证：审核通过后，企业可以前往当地海关或贸促会领取巴基斯坦 FTA 产地证，或者根据相关部门的通知选择邮寄等方式获取证书。

选择代理公司：选择一家经验丰富、信誉良好的代理公司办理巴基斯坦 FTA 产地证。可以通过网络搜索、行业推荐等方式寻找合适的代理公司，并了解其办理流程、费用、服务质量等方面的信息。

提交资料：按照代理公司的要求，提供办理巴基斯坦 FTA 产地证所需的相关资料，包括企业基本信息、贸易合同、发票、装箱单等。