如果进口报关单上的申报单位和营业执照上的单位不一致，这确实是一个需要关注的问题。以下是针对这种情况的一些建议和处理方法：

首先，需要明确报关单上申报单位与营业执照上单位不一致的具体原因。可能的原因包括：

报关时填写错误，如笔误或疏忽导致的单位名称不一致。

企业结构变更，如企业重组、合并或分立后，报关单上使用的是变更前的单位名称。

代理报关情况，如企业委托代理公司办理报关手续，报关单上填写的是代理公司的名称。

核实并更正错误：

如果是因为填写错误导致的不一致，应尽快核实并更正报关单上的信息。

联系海关部门，说明情况并提供正确的单位信息，申请更正报关单。

提供证明文件：

如果是因为企业结构变更导致的不一致，应提供相关的企业变更证明文件，如工商局的变更通知书、营业执照副本等，以证明两个单位之间的关联性和合法性。

提交这些文件给海关部门，以便海关能够准确识别并处理报关单。

与代理公司沟通：

如果是因为委托代理公司报关导致的不一致，应与代理公司沟通并确认报关单上的单位信息。

确保代理公司具有合法的报关资质，并与其签订正式的报关委托协议。