企业自行申请商检证书的流程一般如下：

注册登记：

网上申请：企业登录当地商检机构指定的网站，如中国电子检验检疫网（http://www.eciq.cn/ ），进入相关报检企业备案登记系统。按系统要求填写企业基本信息，如企业名称、组织机构代码、法定代表人、联系方式等，并上传营业执照副本、组织机构代码证副本等扫描件（具体要求根据当地商检机构规定）。

现场提交材料：网上申请提交成功后，打印出申请表，并携带申请表、营业执照副本原件及复印件（加盖企业公章）、组织机构代码证副本原件及复印件（加盖企业公章）、法定代表人身份证复印件等材料（各地要求可能略有差异），前往当地商检机构办事窗口提交材料，进行现场审核 。

准备报检资料：

报检单：填写完整的报检单，内容包括报检单位信息、货物信息（如货物名称、数量、规格、型号、包装等）、贸易方式、合同号、发票号等，并加盖企业公章 。

外贸合同：提供与国外客户签订的外贸合同复印件，合同需明确双方的权利义务，特别是对货物品质、规格、包装等的要求 。

发票：出口货物的商业发票复印件，发票应注明货物的详细信息、价格、数量等 。

装箱单：详细列出货物的装箱情况，包括每箱的货物数量、重量、体积等信息的装箱单复印件 。

厂检结果单：由生产企业出具的货物检验结果报告原件，证明货物符合相关质量标准，加盖工厂检验章 。

其他特殊单证：根据货物的种类和性质，可能还需要提供其他相关单证。例如，对于危险化学品，需提供危险特性分类鉴别报告、出入境货物包装性能检验结果单等；对于动植物产品，可能需要提供动植物检疫许可证等。

网上申报：登录商检机构的电子申报系统，将准备好的报检资料逐一录入系统，并仔细核对确保信息准确无误后，点击 “发送” 按钮，将报检信息传输至商检局联网系统。发送成功后，系统会自动生成一个报检编号，记录该编号以便后续查询。

预约检验：商检机构收到报检信息后，会安排检验人员进行检验。企业可通过电话、电子邮件或系统反馈等方式与商检机构沟通，预约检验时间和地点。有些商品可能需要在工厂实地抽样检验，企业应提前做好准备，如清理货物存放场地、准备检验所需的设备和工具等。

配合检验：

现场检验：在约定的时间，商检人员会到现场进行检验。企业应安排专人负责配合，协助商检人员进行抽样、检验等工作。按照商检人员的要求，提供货物的相关信息和资料，并确保货物的实际情况与报检资料一致。

抽样送检：商检人员会根据规定的抽样方法和比例，从货物中抽取样品进行检验。企业应积极配合抽样工作，确保样品的代表性和真实性。抽样完成后，企业可将样品送往指定的实验室进行检测（部分情况下，商检机构可能自行安排送检）。

缴纳费用：根据商检机构的收费标准和检验项目，企业需缴纳相应的商检费用。费用金额可在商检机构的网站查询或咨询工作人员。缴费方式通常有银行转账、现金缴纳、网上支付等，具体方式以当地商检机构要求为准。

领取证书：

审核通过：如果检验结果合格，且报检资料齐全、符合要求，商检机构会在规定的时间内签发商检证书。企业可通过电子申报系统查询证书的办理进度，当证书状态显示为 “已签发” 时，即可前往商检机构领取证书