商标注册证菲律宾大使馆认证的签发过程一般包括以下步骤：首先，准备相关材料，包括商标注册证书、商标使用授权文件等。

然后，将这些材料提交给菲律宾大使馆，并缴纳相应的认证费用。

接下来，大使馆将对提交的材料进行审核和核实，确保商标的合法性和有效性。一旦通过审核，大使馆会签发认证证书，并加盖认证章。

认证证书将通过快递或邮寄方式送达申请人。

整个认证签发过程通常需要一定的时间，具体时间根据办理的工作量和大使馆的办公效率而定