申请中国医药保健品协会自由销售证明书的流程如下：

准备申请资料：

企业法人资料：包括企业营业执照、组织机构代码证、法定代表人身份证等。

产品资料：包括产品注册证书、产品说明书、相关测试报告等。

质量管理体系文件：如质量手册、工艺流程图、质检记录等。

其他必要的资质证明文件。

填写申请表：根据中国医药保健品协会提供的申请表格，填写相关企业信息、产品信息等内容。

提交申请：将填写完整的申请表和准备好的资料一并提交给中国医药保健品协会。同时，需要缴纳相应的申请费用。

审查与评估：协会将对申请资料进行审查，包括材料的完整性、合规性以及真实性。此外，协会可能还会安排现场评估，对企业的生产设备、质量管理体系以及产品进行检查和核实。

决策与颁证：根据审查与评估结果，协会将做出决策。如果审核通过，协会将颁发自由销售证明书给申请企业。

请注意，整个流程可能需要一定的时间，具体时长取决于资料的准备情况、审查的进度等因素。因此，建议您提前做好准备，并与协会保持沟通，以确保申请能够顺利进行。同时，确保提供的资料真实、准确，以免影响申请的进程和结果。