货物已清关了还能补办秘鲁产地证。根据规定，秘鲁FORM R产地证开船前后都可以办理，出运一年内均可补办。即使货物已经清关，如果需要获取关税的减免优惠，仍然可以补办FORM R产地证，并向目的港海关提供，以享受关税优惠。

补办流程相对简单，联系相关机构填写格式即可，其他资料无需提供。但请注意，补办可能会涉及一些额外的费用和时间，因此建议尽早与相关部门联系，了解具体的补办要求和流程。

同时，为了避免不必要的麻烦和损失，建议出口商在货物出口前尽早办理好相关的产地证和其他必要文件，确保货物能够顺利清关并享受相关优惠待遇。