自己出具的运输鉴定报告，船公司是否认可，主要取决于多个因素，包括船公司的具体要求、鉴定报告的性和准确性、以及是否满足相关法规和标准的要求等。

一般来说，船公司在接受货物时，会要求提供由机构出具的运输鉴定报告，以确保货物的安全性和合规性。这些机构通常具有相应的资质和认证，能够按照相关法规和标准对货物进行检测和鉴定。

然而，有些情况下，船公司可能会接受自己出具的运输鉴定报告，但这通常需要在报告中提供详细、准确的信息，并符合相关法规和标准的要求。此外，一些船公司可能会要求报告由具有特定资质或经验的机构或个人出具，以确保报告的可靠性和准确性。

特别地，对于普通货物，一些船公司可能会要求提供非危险品证明或普货鉴定报告。这些报告通常由机构出具，但也有一些船公司可能接受由发货人或其代理人自己出具的报告。不过，需要注意的是，即使船公司接受自己出具的报告，发货人或其代理人也应确保报告的真实性和准确性，以避免因虚假信息而导致的潜在风险。

另外，值得注意的是，不同国家和地区对于运输鉴定报告的要求可能有所不同。因此，在准备运输鉴定报告时，建议发货人或其代理人先了解目标国家和地区的具体要求，并确保报告符合相关法规和标准的要求。