香港公司办理中巴 FTA 原产地证有以下两种方式：

选择代理公司：由于香港公司在大陆无备案资质，需选择大陆有进口权且在出证机构完成备案的代理企业.

提供辅助资料：向代理公司提供电子档提单、商业发票等清关资料，或按要求填写中巴产地证格式内容.

核对与确认：代理公司将格式内容输入系统后，发给国外客户核对证书内容，确认无误后出具正本，并邮寄给香港公司.

付款及查询：香港公司收到正本后付款，并可通过海关、贸促会等网站查询证书真伪.

了解协定要求： 香港公司需了解中巴 FTA 的具体内容，包括原产地规则、优惠待遇等，相关信息可通过中国海关、贸促会获取.

注册备案： 企业要先在相关机构如中国国际贸易促进委员会或中国出入境检验检疫局等进行注册登记，并对出口产品进行备案.

准备资料：如企业营业执照复印件、申请人身份证明、产品生产工艺及流程说明、产品的进口合同或销售合同、原材料采购证明、运输和提单相关文件等.

填写申请表：根据提单、箱单、发票等清关资料，如实填写原产地证申请表，详细说明货物的生产过程、使用的原材料等信息.

提交审核：将申请表及相关资料提交给相关部门，相关机构会对申请材料进行审核，确认产品是否符合中巴 FTA 的原产地规则，审核通过后颁发中巴 FTA 产地证.