药监局自由销售证和医保商会自由销售证存在以下区别：

发证机构性质与职能不同：

药监局：属于政府的药品监督管理部门，主要负责药品、医疗器械、化妆品等医药相关产品的监督管理，确保这些产品的质量、安全和有效性。药监局颁发自由销售证是基于其对相关医药产品的严格监管和审批权限，是对产品质量和安全性的官方认可和证明。

医保商会：全称中国医药保健品进出口商会，是由从事医药保健品研发、生产、贸易、投资及相关活动的各种经济性组织自愿组成的全国性、行业性和非营利性的社会组织。医保商会主要在医药保健品的进出口贸易领域发挥协调、服务和促进的作用，其颁发的自由销售证更多是从行业角度对产品在市场上的销售资格进行证明。

适用产品范围与侧重不同：

药监局自由销售证：通常适用于药品、医疗器械、化妆品、保健食品等关系到人身健康和安全的医药相关产品。这些产品需要经过药监局严格的审批和监管流程，确保符合相关的质量标准和安全要求后，才能获得药监局颁发的自由销售证。例如，一款新研发的药品想要在市场上自由销售，必须先获得药监局的批准，药监局在对药品的临床试验结果、生产工艺、质量控制等方面进行严格审查后，才会颁发自由销售证。

医保商会自由销售证：虽然也适用于医药保健品，但更侧重于在进出口贸易环节中使用。主要是为了证明产品在国内的生产和销售是合法的，以便产品能够顺利出口到其他国家或地区。对于一些在国内已经获得相关生产许可和销售许可的医药保健品，如果企业想要将其出口到国外，医保商会的自由销售证可以作为产品符合国内标准和规定的证明文件。

证书的性与公信力不同：

药监局自由销售证：具有较高的性和公信力，因为药监局是，其颁发的证书是基于严格的法律法规和的审批程序。在国际上，很多国家和地区的监管机构对药监局颁发的自由销售证认可度较高，尤其是对于医药产品这类对质量和安全要求较高的商品，药监局的证书更具有说服力。

医保商会自由销售证：在行业内具有一定的性和公信力，但相比药监局的证书，其性可能稍弱一些。不过，医保商会在医药保健品进出口领域具有丰富的经验和知识，其颁发的自由销售证在国际贸易中也被广泛认可，尤其是对于一些与医保商会有密切合作关系的国家和地区。

证书的有效期不同：

药监局自由销售证：有效期一般为两年。

医保商会自由销售证：有效期通常也为两年，但具体有效期可能会根据不同的产品和商会的规定有所不同。