在南沙二期办理木制工艺品出口商检通关单，可按以下步骤进行：

准备资料：

质量合格证明：由生产厂家出具，证明木制工艺品的质量符合相关标准和要求。

产品说明书：介绍木制工艺品的材质、工艺、用途、使用方法等信息，便于商检部门了解产品情况。

厂检记录单：生产企业对产品进行自检的记录，包括检验项目、检验结果等。

基本商业文件：出口合同、商业发票、装箱单。合同要明确交易双方的权利义务、货物的详细信息等；发票需准确记录货物的价格、数量等信息；装箱单则要详细说明货物的包装情况。

产品相关文件：

其他可能需要的文件：如果涉及到濒危木种，还需要办理濒危证明及相关国家允许进出口的证明文件。

网上申报：

企业通过中国国际贸易 “单一窗口” 平台进行申报。登录平台后，选择所在地区（南沙），进入货物申报板块，填写出境检验检疫申请，按照系统提示录入商品的品名、编码、数量、单价、金额、起运港、目的港、运输方式等信息。

上传准备好的相关资料的电子文件，确保文件清晰、完整、准确。

检验审核：

商检部门收到申请后，会对提交的资料进行检验审核，检查申报信息是否准确、完整，文件是否符合要求。

如果资料存在问题，商检部门会通过电话、短信或系统反馈等方式通知企业补充或修改资料。企业应及时按照要求进行处理，以免影响办理进度。