在卡塔尔清关时，是否需要办理箱单的贸促会认证要根据具体情况而定。一般来说，卡塔尔清关常见的要求是发票需要进行贸促会认证。但对于箱单，部分客户可能也会提出贸促会认证的要求。

如果客户明确提出需要箱单贸促会认证，或者交易中存在一些特殊情况（例如货物价值较高、货物种类特殊等），为了确保顺利清关，办理箱单贸促会认证是有必要的。建议出口商在发货前与卡塔尔的客户进行充分沟通，明确清关所需的具体文件和认证要求。