营业执照印尼使馆认证的流程一般如下：

自行办理

准备材料：

提交需要认证的营业执照证明文件一套正本、两套复印件。

中国公司和印尼公司法人代表的身份证或护照复印件。

中国公司及印尼公司营业执照（副本）复印件各一份。

致商务参赞的一封信函，说明所需认证文件的种类、递交文件的数目及内容、要求出具证实函的目的。

填写国际商事证明书申请表及领事认证申办表各一份（可在印尼驻华大使馆网站下载）。

提交申请：将准备好的材料递交到印尼驻华大使馆进行审核认证 。

缴费：根据使馆要求缴纳相应的认证费用 。

等待审核与领取认证文件：使馆会对申请进行审核，一般需要数个工作日至数周不等的时间。审核通过后，您可以前往大使馆领取认证后的营业执照文件，也可以选择邮寄方式获取 。

选择代理机构：通过网络搜索、他人推荐等方式，找到信誉良好、经验丰富的代理机构 。

提交材料：按照代理机构的要求，提供营业执照原件及复印件、公司法人代表身份证或护照复印件、印尼公司营业执照副本复印件等相关材料 。

代理机构办理流程：

代理机构将对您提供的材料进行核实，并准备相关辅佐材料。

他们会将需要认证的营业执照及辅佐资料先送往中国国际贸易促进委员会（简称：贸促会）进行盖章认证，并制成国际商事证明书的形式。

经过贸促会盖章认证后的文件会被递交至中国外交部进行加签及盖章。

后，外交部认证后的文件将被送往印尼驻华使馆进行审核认证，使馆审核通过后，会在证书背面加盖大使馆印章，对证书加以确认。

获取认证文件：认证完成后，代理机构会根据您的要求，将认证文件通过邮寄或其他方式送达给您 。

办理时间方面，自行办理通常需要 3-4 个工作日，建议提前规划；委托代理机构办理可能会相对快捷一些，但具体时长也需根据实际情况而定 。费用包括认证费、代理费（如有）等，不同的办理方式和机构收费标准可能有所不同，要提前了解清楚相关费用情况 。此外，在办理过程中，要确保提供的材料真实、准确、完整，以免影响认证的进度和结果