两家工厂拼柜出货时，可以出一份中澳产地证。但请注意，这份产地证需要符合中澳自由贸易协定的相关规定，并且所有涉及的产品都需要满足原产地的要求。同时，办理中澳产地证时，需要提供一系列相关的申请材料，如原产地证申请表、销售发票、运输文件、物料证明及加工记录等。这些材料需要详细且准确，以便相关部门进行审核和核准。

具体的办理流程可能包括进行原产地证备案登记、准备和提交申请材料、缴纳申请费用、等待审核以及领取产地证等步骤。请注意，如果在出货后需要补办中澳产地证，也有一定的时间限制和流程规定。

因此，两家工厂拼柜出货时，虽然可以出一份中澳产地证，但需要确保所有流程和要求都得到满足，以确保产地证的有效性和合法性。建议在办理前咨询相关部门或机构，以确保操作的正确性和顺利性。